VRV系统主要缺点：
1、 VRV空调系统的变频处理的时候有高次谐波，对精密仪器、电脑电子设备有干扰。并会产生额外的高频噪音。
2、某些频率（如40Hz左右）不能用，因容易引起机器共振，这使VRV空调的工作受到影响。
3、VRV空调系统的变频调节有级数，不是无级调节，当工作时需逐级增大或减小功率，从而使温度响应减慢，并且在级与级之间的工作状况下能耗增大。
4、变频过程损耗大，使VRV空调的实际能耗大于样本标称能耗。
5、在频率较低和较高的时候都会因为变频发热损耗比例增大而导致能耗增大，因此实际变频的范围远远小于样本标称，使VRV空调的性能进一步受到削弱。
6、冷媒管最长不超过100米，室内机组之间高度差不超过15米等。VRV的制冷能力随管路长度的增大而下降，最大可衰减至机组额定制冷量的85％，额定制热量的90％。这是一个经常被忽视的问题，实际上往往引起使用舒适性的问题。
7、冬季低温环境下VRV机组制热能力衰减较大，如在室外气温为-5℃时，制热能力会衰减量至额定值的54％。
8、当低负荷时，室外机运行频率会下降，导致制冷剂排量减小，管道中流速下降，压缩机的润滑油会大量积累在管道中，从而使压缩机缺油，出现烧机的现象。因此VRV系统每隔一段时间要进行回油运转，使润滑油流回压缩机。这不仅影响了运行效果，而且其回油困难的缺陷仍不能得到完全解决，实际运行中事故隐患大。
9、在低负荷时，由于室外机组蒸发压力较高，导致室内机组除湿性能下降，室内舒适性下降。
10、VRV室外主机容量较小，NB3000机组制冷制热效率低。
11、管道一旦出现制冷剂渗漏时，检查渗漏位置很困难。
12、室外机过多，不能互为备用，一旦室外主机出现故障会引起相对应的系统不能使用。
13、无新风处理设备，只能另配全热交换机（其价格高于同风量的新风机组）。后者虽然可以节省新风能耗，但增加了排风管道的投资和占用的空间，而且在部分房间使用时，存在因排风温度高而导致新风进入室内的温度会偏高，并使室内温度降不下来的隐患。
14、全热交换机交叉污染的问题至今未能得到完美的解决，在病毒猖獗的今天，该系统存在一定的隐患。
